Przechodzące przez Rzeczpospolitą wojny zakłócały prace budowlane i modlitewne skupienie zakonników. Nie obeszło się bez kontrybucji, rekwizycji, rabunków i dewastacji. Grasowały tu na zmianę wojska szwedzkie, moskiewskie, saskie, konfederaci warszawscy i sandomierscy.

Inwazja szwedzka
W r. 1650 stanęła w Czatkowicach chorągiew rotmistrza Mikołaja Baala, wrogo ustosunkowanego do klasztoru. Po­mimo odwołania asygnaty przez hetmana Lanckorońskiego, rotmistrz wkroczył do wiosek klasztornych siejąc zamiesza­nie, swawole i rabunki. Wyzyskiwał klasztor i włościan. Dzię­ki interwencji o. Edmunda od św. Eliasza wniesiono pozew na Baala przed komisję wojskową w Lublinie, która nakazała rotmistrzowi zapłacić odszkodowanie zakonnikom. Baal jed­nak umknął z Lublina i nie wrócił już do chorągwi. Przydzie­lony ze skarbu państwa dla jego kompanii żołd w wysokości 2500 zł, został przekazany o. Edmundowi, jako częściowe wynagrodzenie szkód wyrządzonych przez chorągiew.

Katastrofa polityczna, spowodowana okupacją Polski przez Szwedów, mocno odbiła się na życiu zacisza pustelni­czego. Nie obeszło się bez kontrybucji, rekwizycji, rabunków i dewastacji. O. Bernardyn od Dzieciątka Jezus, przeor klasz­toru, ulegając powszechnej panice, w obawie przed Szweda­mi wywiózł z klasztoru cenniejszą część biblioteki i kosztow­ne przedmioty, umieszczając je u karmelitanek bosych w Krakowie. Składali tam swoje kosztowności mieszczanie, szlachta oraz karmelici z klasztoru lwowskiego i lubelskiego. Opuszczając swój klasztor Św. Marcina, karmelitanki przy­były do Paczółtowic. Udając się z zakonnicami na Śląsk do Gliwic, a stamtąd do Pragi, kilku ojców zabrało srebra klasz­torne.

Król Karol Gustaw uznał Nową Górę i okolice za dobre miejsce strategiczne dla założenia obozu i zdobywania zam­ków w Tęczynie, Pieskowej Skale, Lipowcu i Tyńcu, zapew­niających mu wolną drogę do Olkusza. Nakazał zrobić szero­ką drogę z Krzeszowic do Nowej Góry. Na szczycie zaś wzgó­rza zwanego Bartlowa Góra, we wsi Czatkowice, założył obóz umocniony potrójnym rzędem szańców. Posiadłości klasztorne stały się punktem wypraw po żywność i na rabu­nek. Sprytny dyplomata, br. Modest od św. Jana Chrzciciela, świetnie władający niemieckim, potrafił zdobyć względy u dowódcy wojska Wittenberga, a później u generała Pawła Wiirtza, od którego wyjednał list żelazny w obronie klaszto­ru. Dzięki tym względom potrafił uratować erem i jego dobra od zupełnej dewastacji.

Wskutek doniesień o kryjących się tu skarbach, przybył oddział stu żołnierzy z oficerami i przetrząśnięto cały klasz­tor. Nie znalazłszy spodziewanych skarbów, wojsko wróciło do Krakowa. Tymczasem rewizje u karmelitanek bosych w Krakowie przyniosły Szwedom olbrzymie owoce. Odkryli zamurowane skarby wielkiej wartości. Srebro i złoto zabrano do skarbu dla wojska króla szwedzkiego. Otrzymane od Firlejowej bogate wyposażenie klasztoru pustelniczego dostało się w ręce nieprzyjaciela. Dzięki zabiegom o. Tadeusza, któ­ry przez pośrednictwo Radziejowskiego wyjednał u króla pis­mo nakazujące zwrot kosztowności, skarby wróciły do rąk pierwotnych właścicieli.

Po wypędzeniu Szwedów, zakonnicy wrócili do pustelni i swoich zajęć, przystępując do odbudowy zniszczonych folwarków i do dalszej budowy klasztoru.

 

Wizyta Króla Jana Kazimierza

W roku 1660 król Jan Kazimierz wraz z żoną przybył do Krakowa. Adwent postanowili spędzić w klasztorach. Królo­wa udała się do karmelitanek bosych w Krakowie, a król Jan Kazimierz przybył do eremu w Czernej.

Ta niespodziewana wizyta króla miała olbrzymie znaczenie dla pustelni. Księga akcepty w styczniu 1665 r. posiada adnotację: Eleemosyna a Serenissimo Rege nostro florenos trecentos oraz Ex eleemo­syna a M. D. et Illustr. Domino Pac Cancellano M.D.L. flo­renos triginta. Z powyższego wynika, że królowi towarzyszył kanclerz litewski Krzysztof Pac. Na krótko przed przybyciem króla do Czernej, karmelici wnieśli do niego prośbę o przy­dział soli z żup Wieliczki dla zniszczonych folwarków. Spe­cjalnym przywilejem (Kraków, 29 listopada 1660 r.), „mając wzgląd osobliwy na zniszczenie pomienionych dóbr przez róż­nych nieprzyjaciół", nakazuje komisarzowi wydanie co roku. bez zapłaty skarbowej, soli po jednym bałwanie szlacheckim na każdy folwark klasztoru pustelniczego. Ponadto poleca wpisać erem w „Pensjonarz duchowny inter bancos perpetuae fundationis". Rozkaz ten bezzwłocznie spełniono, albowiem w akcie lustracji żup wielickich z 1661 roku zaznaczono, iż należy się „OO. Siedleckim rocznie bałwanów trzy".

Korzystając z odwiedzin króla, karmelici przedstawili mu swoje bolączki odnośnie do eksploatacji czarnego marmuru w Dębniku. Do roku 1644 tamtejsze łomy pozostawały pod zarządem dwóch Włochów: Bartłomieja Stopano i Szymona Spadli. Wyrabiali oni przedmioty z marmuru lub też, z grub­sza obrabiany, dostarczali innym rzeźbiarzom króla Zygmun­ta III. Na podstawie kontraktu dzierżawy, płacili klasztorowi opłatę w zależności od ilości wydobytego marmuru. Roczna intrata olbornego dla klasztoru wy­nosiła niekiedy 1000 zł. W 1644 r. zwolniono Włochów, a za­konnicy na swój rachunek rozpoczęli eksploatację marmuru. Zwolnienie to przysporzyło im wielu trudności ze strony ce­chu murarskiego i kamieniarskiego, które utrudniały - boj­kotowały i ograniczały - rynek zbytu klasztorowi. Karmelici skorzystali z obecności króla i poprosili o opiekę i pomoc. Jan Kazimierz przychylił się do prośby i specjalnym przywilejem (Kraków, 20 stycznia 1661 r.) uwolnił kamieniarzy dębnic­kich od majstrów cechowych oraz pozwolił na wolny rynek zbytu we wszystkich polskich miastach Polski i Litwy. Przywi­lej ten potwierdził później: Jan III Sobieski, August II (9 li­stopada 1720 r.) i August III (14 września 1752 r.). 14 czer­wca 1788 r. król Stanisław August Poniatowski udzielił klasz­torowi przywileju na targi w Paczółtowicach, które miały od­bywać się we wtorki. Targi te przyczyniły się do podniesienia stopy życiowej oraz podniosły ekonomicznie Paczółtowice.

Klasztor w dobie inwazji nieprzyjacielskich w XVIII w.

Wiek XVIII rozpoczął się tragicznie dla Polski. Wstąpienie na tron Augusta II Sasa spowodowało nową inwazję szwedz­ką. Tragedia ta odbiła się także na życiu pustelni czerneńskiej, zwłaszcza pod względem ekonomicznym. Przez szereg lat grasowały tu na zmianę wojska szwewdzkie, moskiewskie, saskie, konfederaci warszawscy i sandomierscy.

Wojska nę­kały klasztor ustawicznymi kontrybucjami, siejąc zniszczenie i rabunek. Współczesny autor księgi gospodarczej klasztoru zanotował: „Iż jedni wyszli z wiosek a drudzy przyszli, stacja­mi, noclegami, przechodami, zabieraniem koni, bydła, wo­zów, prowiantów, wniwecz chłopów obrócili". W roku 1701 generał szwedzki Steinbock przysłał z Krakowa do dóbr kla­sztoru czerneńskiego nakazy płatnicze zwane paletami, wyz­naczając z każdego dymu, nie licząc żywności i danin w naturze. Ponieważ poddani klasztoru nie byli w stanie tego uczynić, dlatego klasztor w 1702 r. zapłacił za nich 448 zł 24 gr.
W 1705 r., z polecenia Stanisława Chomentowskiego, mar­szałka konfederacji sandomierskiej, zawinęła do Siedlca cho­rągiew Waleriana Radeckiego, starosty romanowskiego. Chorągiew nałożyła tak wielki okup, że włościanie nie byli w stanie go złożyć. Wobec tego żołnierze spędzili wszystko bydło z Paczółtowic i folwarków pod karczmę do Siedlca, grożąc jego uprowadzeniem. W końcu znów karmelici złożyli 660 zł okupu. Za powtórnym przybyciem Szwedów do Kra­kowa w 1705 r., generał Sternberg rozpisał nową kontrybucję po 27 tynfów od dymu. Oprócz tego wyznaczył z każdego domu pewną ilość chleba, mięsa, siana, owsa, mąki, masła, piwa, soli itd. Ociąganie się z oddaniem kontrybucji ściągnę­ło do wiosek klasztornych egzekucję wojskową. Bito włoś­cian, wypędzano z domów, zabierano bydło itd. Widząc opła­kany stan poddanych, karmelici zastawili w Krakowie koszto­wności klasztorne, a Szwedom wypłacili w imieniu włościan 2517 tynfów wypożyczonych pieniędzy.

W następnym roku kontrybucje były ściągane przez wojska moskiewskie oraz saskie. Ponieważ zebranie kontrybucji w wioskach klasztornych było niemożliwe, Blunernitsch, sas­ki komisarz wojenny, zwolnił karmelitów od danin. Z wdzię­czności zakonnicy ofiarowali mu piękny stół marmurowy. Uchodząc w 1707 r. w stronę Saksonii, Sasi ograbili wioski i miasteczka, siłą egzekwując pieniądze, żywność i bogactwa. Uciekający z Krakowa pułk saskiej rajtarii pod dowództwem generała Ekstadta, chciał dłuższy czas zatrzymać się w Sied­lcu i Paczółtowicach. Karmelici zapobiegali temu przez Bliinernitscha. Pułk zatrzymał się na leżach w Olkuszu. Ekstadt mszcząc się, przysłał klasztorowi palet na dostawę dla pułku owsa, siana, wołów, baranów, kur, gęsi, jaj, a oprócz tego z każdego dymu wyznaczył po trzy talary. Do pobierania kontrybucji wyznaczył sześciu rajtarów i zagroził, że w razie nieoddania kontrybucji do trzech dni, zjedzie z wojskiem na egzekucję; karmelici w pierwszym rzucie po­słali do Olkusza bróg siana, 150 korcy owsa, 3 woły, kilkanaście baranów, kur, gęsi i kilka beczek piwa. Od reszty kon­trybucji uwolnił ich Bliinernitsch, który wyjednał od naczel­nego wodza w Siewierzu zakaz ściągania danin z majątków klasztornych.

W 1708 r., idąc do Siewierza przeciw konfederatom Stanisła­wa Leszczyńskiego, dywizja Rybińskiego pozostawiła w do­brach klasztornych chorągiew rajtarii pod dowództwem rotmi­strza kalwina. Ten codziennie ściągał od wieśniaków prowianty dla wojska. Dano mu 100 tynfów w nadziei, że opuści wioski. Rotmistrz jednak tylko część chorągwi wyprowadził do Racła­wic. Sam z resztą wojska przeniósł się do folwarku w Siedlcu, każąc się dobrze żywić. Karmelici dali mu znów 200 tynfów, aby się wyprowadził z majątków. Rotmistrz zażądał 3000 tyn­fów, grożąc, że w razie gdy nie zapłacą, sprowadzi z powrotem żołnierzy. Dzięki interwencji Elżbiety Sieniawskiej, hetmano­wej w. koronnej (dziedziczki majątku po Tęczyńskich i Opa­lińskich), do której uciekli się karmelici, wydany został uniwer­sał hetmański, nakazujący Rybińskiemu odwołać rotmistrza z dóbr klasztornych i zabronić wszelkiej egzekucji.

W tym czasie zamieszek i klęsk wybuchła w Krakowie za­raza, tzw. morowe powietrze. 16 września 1707 r., chroniąc się przed zarazą, przybyli do dworu siedleckiego klerycy i lektorzy z klasztoru ŚŚ. Michała i Józefa. Tej samej nocy spłonęły w Siedlcu dwie stodoły ze zbożem. Dnia 25 września klerycy rozpoczęli w Czernej rok studiów teologii. Mieszkali w klasztorze, biorąc udział we wspólnych aktach. Jutrznię od­mawiali w kaplicy przy furcie. Przebywali oni w pustelni do 20 grudnia. Stąd wyjechali do Wiśnicza. W 1707 r. w krakow­skim klasztorze ŚŚ. Michała i Józefa na zarazę zmarli: o. Ar­nold od Jezusa (Kasper Melczerowicz), o. Wincenty od śś. Piotra i Pawła (Stanisław Klimorowski), br. Antoni od św. Remigiusza (Marcin Rybkiewicz), garbaty aptekarz, br. Jan od śś. Zachariasza i Elżbiety (Michał Świderski) i br. Marcjalis od Matki Bożej (Michał Romeyko). Ponieważ klasztor ten pozostał bez opieki, prowincjał zwrócił się z prośbą, aby ochotnicy z eremu udali się do klasztoru ŚŚ. Michała i Józefa do Krakowa. Zgłosił się o. Sylwester od Ofiarowania NMP, który przez 12 lat pełnił urząd podprzeora w eremie. Za towa­rzysza miał br. Stanisława od św. Teresy (Romeyko). Niedłu­go potem obaj zmarli na zarazę: o. Sylwester w wigilię Boże­go Narodzenia w 1707 r., a br. Stanisław w styczniu 1708 r.

W czasie powtórnej zarazy w Krakowie, do Siedlca przyby­ły karmelitanki bose. Przebywały tutaj od 10 lipca do 17 paź­dziernika 1710 r. Dnia 26 sierpnia zmarła w Siedlcu s. Agnie­szka od Nawiedzenia NMP (Petronela Mikuliczówna). Po­chowano ją w grobowcu pustelników w Czernej. W tym cza­sie, również we dworze siedleckim, przebywał mistrz nowic­jatu z nowicjuszami krakowskimi.