Zakon karmelitański w swoich początkach w Palestynie (XII-XIII w.) miał charakter pustelniczy. Po osiedleniu się w Europie karmelici zmienili styl życia z eremickiego na cenobicki; zakon zaliczony został do zakonów żebrzących. Zawsze jednak umożliwiał swym członkom prowadzenie życia pustelniczego według pierwotnego ideału. Istnienie eremu w każdej prowincji było i jest zalecane przez konstytucje zakonu.
W 1620 r. definitorium generalne w Rzymie upoważniło o. Jana Marię od św. Józefa (Joannes Centurioni), prowincjała karmelitów bosych w Polsce, do założenia pustelniczego klasztoru dla prowincji Ducha Św. Pięć lat czekano na fundatora i poszukiwano odpowiedniego miejsca. W 1625 r. zachęcona przez jednego zakonników fundacji eremu podjęła się Agnieszka z Tęczyńskich Firlejowa, wojewodzina krakowska. W tym celu poleciła szukać odpowiedniego miejsca pod budowę eremu. Karmelici znaleźli je w lesie siedleckim nad doliną Dubia, w dobrach Melchiora Gierstmana. Nieruchomość tę oraz wsie Paczółtowice, Siedlec i Żbik nabyła dla nich Firlejowa.
Ogólny widok eremu św. Eliasza w Czernej. Kwasoryt. |
Wykonano już pierwsze prace budowlane, jednak musiano je przerwać, gdyż w okolicy nie było wody. Wówczas fundatorka zaprowadziła zakonników do otoczonej górami i lasami doliny, oddzielającej wieś Paczółtowice od Czernej. Ojcowie urzeczeni pięknym położeniem zawołali z radością: "Bóg sam wybrał to miejsce". Wybór tego miejsca przyjęto z entuzjazmem. Za najodpowiedniejszy pod kościół uznano zachodni stok góry czerneńskiej.
Jedna z legend opowiada, że żył niegdyś starzec bardzo pobożny. Często widywano go modlącego się. Jakieś dziwne upodobanie miał do miejsca, gdzie stoi obecnie klasztor, spędzał tam większość czasu na modlitwie. Pytano go, dlaczego nie idzie do pobliskiego kościoła, tylko modli się w lesie, Na to on odpowiadał, że tu właśnie, wśród drzew i skał jest blisko Boga. Mówił także, że miejsce to wybrane jest przez Stwórcę, bowiem wkrótce przybędą tu wielcy słudzy Boga, doskonałością i świętością życia jaśniejący. Oni na tych samotnych skałach kościół zbudują, by wielbić Pana Najwyższego."
